空気(酸素)を必要としない状態で活動する微生物の働きによって、発酵する過程のこと。乳酸菌や酵母がこの発酵をする。嫌気性発酵で生ゴミを堆肥にする場合、密閉式のコンポストなど用いる。発生したメタンガスは回収して、ボイラーや発電に利用することもできる。(↔好気性発酵)